Кладофора, за счёт пористого вещества, образованного её нитями и оставляющего на себе вредную грязь, является прекрасным естественным фильтром, который пропускает огромный объем воды. Но тем не менее использовать её в качестве заменителя фильтра невозможно, несмотря на способность эгагропилы к биологической фильтрации, в аквариуме должен быть установлен полноценный фильтр, который обеспечит как биологическую, так физическую фильтрацию воды.
Кладофору шаровидную иногда нужно вынимать из емкости. Для того, чтобы очистить от мельчайших загрязнений, для этого её необходимо промывать под небольшой струей воды из-под крана, затем слегка отжать и снова положить на место.